Vào năm 1726, Hopkins kết hôn với Sarah Scott, con gái của Sylvanus Scott và Joanna Jenckes, họ đều là hậu duệ của Richard Scott và Katharine Marbury, những người đầu tiên định cư tại Đồn điền Providence; bà Marbury là em gái út của Anne Hutchinson, một nhà cải cách tôn giáo.[18] Còn Richard Scott là một tín đồ thuộc giáo phái Quaker đầu tiên của Providence.[55]

Hopkins có tổng cộng bảy người con, và có năm người trong số họ sống đến tuổi trưởng thành. Sau khi bà Sarah Scott qua đời vào ngày 9 tháng 9 năm 1753, ở tuổi 46, Hopkins đã kết hôn với Anne Smith, con gái của Benjamin Smith và không có con. Một trong những người em trai của Hopkins là Esek Hopkins đã trở thành tổng tư lệnh đầu tiên của Hải quân Lục địa Hoa Kỳ, người anh trai William của ông là một thương gia có tiếng.[56] Jemima Wilkinson, một nhà thuyết giáo Quaker, một trong những người họ hàng của Hopkins, đã được ông xem là một người bạn.[57]